故事的發生地是在一座名為星元市的小城市。
在市內的獅子尾山上，聳立著一個閃耀著彩色光芒的巨大物體，這個被命名為“摩諾之角”的物體，實際上是16年前“怪獸之日”事件發生之后就矗立在那里的“怪獸的角”。
在世界各地同時出現怪獸的“怪獸之日”事件發生之后，怪獸災害開始變得日常。日本的地球防衛隊開始以武力對付怪獸的同時，怪獸防災科學調查所（統稱SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也為了防止怪獸災害的發生和受災情況擴大，不斷對各地區進行科學調查和避難引導。這個組織時至今日，還在不停地調查“怪獸之日”出現的原因和城市中的“摩諾之角”。
年僅7歲的“優馬”在獅子尾山與父母露營時，遭遇了怪獸襲擊，他奇跡般地生還并毫發無傷。以此為契機，“優馬”踏上了研究怪獸生物學的道路。雖然有著痛苦的過去...