該劇改編自貓膩同名暢銷小說，承接上季，范閑（張若昀 飾）率領使團回歸途中，二皇子以費介、范思轍以及滕家遺孤的安危來威脅范閑，逼他向自己俯首稱臣，二人的矛盾就此激發。范閑所面對的抱月樓迷局，以及接踵而至的春闈危機，都是二皇子精心給范閑布下的陷阱。
范閑與林婉兒如愿大婚，緊接著，范閑接手內庫，卻發現內庫負債累累。 范閑拒絕了慶余堂大掌柜的相助，決定靠自己的力量解決內庫危機，范閑相約城中眾商賈相聚蒼山，以售賣“庫債”為機籌集了兩千多萬銀兩，解決了內庫空虛問題。
懸空寺上，慶帝遭遇三連刺殺，范閑出手相救卻導致武功全廢。危機四伏，壓力陡增，范閑別無選擇，他必須以這樣的身體下江南，挑戰龐大的勢力與既定的游戲規則，以求徹底奪回內庫。