穆德（David Duchovny 大衛?杜楚尼 飾）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉蓮?安德森 飾）亦同時發現自己懷有身孕。穆德的辦公室被搜查，斯科莉請求Skinner（Mitch Pileggi 飾）幫助尋找搭檔，孤槍俠也參與進來。FBI高層則派出探員約翰?多格特（Robert Patrick 羅伯特?帕特立克 飾）協助調查，但兩個人的初次會面不歡而散。
調查局發現穆德的單位密碼和信用卡在失蹤后的幾天都有使用紀錄，甚至發現了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特認為穆德假裝失蹤，以便盜取資料獨自調查。案情愈加撲朔迷離……