在百子成功渡過地表入侵，山地基因危機，Ari智能危機以及天幕輻射危機的5年后，天空人和小oHeda領導的地表人又回到了地面。
在重建家園的時候，意外發現大戰前美國國防建立的海底智能化基地由于備用供電終止，浮出水面。
在探索后發現，基地并沒有幸存者。
在修好了供電設備后，天空人進入了海底基地的控制系統，原來這是在冷戰時期就開始研發的太空戰基地，之所以修在海底是為了安全和保密。
海底基地可以接入還在運行的軍事衛星，意外發現美國已經偷偷和宇宙的神族文明取得了聯系，神族文明的外交艦隊已在百年前出發，現在已進入銀河系的邊緣。
神族文明發現地球文明已經不復存在。
同時ari當時備份在宇宙空間站的系統錯誤判定神族文明的來意，希望他們能幫助人類重建家園。
然而神族文明卻已開始了殖民地球的計劃。
外交艦隊的任務是消滅地球殘留文明建立新的秩序。
天空人和地表人將如何利用...